La historia de Quintana Roo, como estado, comienza en 1902 cuando se crea el Territorio Federal de Quintana Roo; sin embargo, para una mayor comprensión de los procesos históricos que llevaron a la constitución de Quintana Roo como un territorio independiente es preciso referenciar algunos de los principales capítulos de su existencia.
La región que ahora ocupa Quintana Roo fue una de las más pobladas del antiguo Imperio Maya. En la actualidad sobreviven algunos grupos étnicos y múltiples recintos arqueológicos entre los que destacan Chacchoben, Chakanbakán, Chamax, Cobá, Dzibanché, Ichpaatán, Kohunlich, Muyil, Oxtankah, Tankah, Tulúm, Tupak, Xel-Há y Xcaret.
A fines del siglo XIX, Yucatán carecía de medios para someter a los mayas rebeldes, de la parte oriental de la península. El presidente Porfirio Díaz buscaba el control económico y político de la frontera con Belice y la explotación de estas ricas tierras en recursos naturales y forestales. El 24 de noviembre de 1902 se creó el Territorio Federal de Quintana Roo con una extensión de 50 000 km².
Pocos años después, fue nombrado el general de división José María de la Vega primer jefe político de Quintana Roo ejerciendo su función desde el Campamento General Vega, que funcionó en los hechos como capital del naciente Territorio. Durante la Administración de José María de la Vega, se optó por una división en tres distritos de acuerdo con su situación geográfica: norte, centro y sur. De 1903 a 1911 el General Ignacio A. Bravo se desempeñó como jefe político del Territorio. Por esos tiempos el territorio se caracterizó por el creciente arribo de presos políticos y opositores al régimen a la colonia penal llamada “Cuerpo de Operarios”. Entre abril y mayo de 1903 se llevaron a cabo las primeras elecciones en el Territorio de Quintana Roo para conformar los ayuntamientos en Payo Obispo, Bacalar, Xcalak, Campamento General Vega e Isla Mujeres; en Cozumel se instaló una junta municipal.
El 27 de febrero de 1904 se publicó en el Diario Oficial de la Federación la Ley de Organización Política y Municipal del Territorio Federal de Quintana Roo en la que se especificaba que la capital del Territorio sería Santa Cruz de Bravo.
A partir de 1911 el general Manuel Sánchez Rivera fue enviado por el gobierno del presidente Francisco I Madero para sustituir a Bravo en el poder. En junio de 1913, Carranza decretó la anexión del Territorio de Quintana Roo a Yucatán. En junio de 1915 el gobernador yucateco Salvador Alvarado, decidió devolver a los mayas Santa Cruz, desplazando la capital a Payo Obispo. El 26 de junio Carranza expidió en Veracruz otro decreto que derogaba el de 1913 y reintegraba el Territorio de Quintana Roo. En 1918 Carranza, otorgó a Francisco May el grado de general constitucionalista, mismo que controló y monopolizó la compra-venta de toda la producción chiclera de la zona y concentró gran poder político.
Ruinas de Tulúm.Entre 1916 y 1930, con el traslado de la capital del Territorio a Payo Obispo, la zona sur de Quintana Roo tuvo un importante desarrollo. La organización política del Territorio, se modificó en 1917 con la creación de los municipios libres promulgada en la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos. Quintana Roo quedó dividido en tres municipios: Cozumel, Isla Mujeres y Payo Obispo.
En 1924, Plutarco Elías Calles nombró al general Amado Aguirre gobernador del Territorio y al propio tiempo jefe de una comisión para realizar un estudio político, administrativo y económico de Quintana Roo, con la intención de evaluar la conveniencia de conservar al Territorio como entidad dependiente de la federación.
Durante la gestión del doctor José Siurob, a fines de 1928 se decretó la desaparición de los municipios libres en los territorios federales; éstos fueron sustituidos por delegaciones de gobierno lo cual nuevamente dio al gobernador un poder centralizado y provocó que varios quintanarroenses fueran relegados de los puestos públicos. Quintana Roo quedó dividido en cuatro delegaciones con cabeceras en: Payo Obispo, Santa Cruz, Cozumel e Isla Mujeres. El 14 de diciembre de 1931 se decretó la anexión de Quintana Roo a los estados de Yucatán y Campeche aduciendo que el Territorio, al no poder bastarse a sí mismo económicamente, representaba un enorme egreso para la federación.
El 11 de enero de 1935 el presidente Lázaro Cárdenas emitió un decreto, publicado en el Diario Oficial el 16 de enero, mediante el cual se creó nuevamente el Territorio Federal de Quintana Roo. El 8 de febrero de 1935 ocupó la gubernatura del Territorio el general Rafael E. Melgar, considerado como uno de los gobernadores más destacados de la entidad. Melgar dejó la gubernatura del Territorio en diciembre de 1940, le sustituyó Gabriel R. Guevara quien permaneció en el poder hasta abril de 1944.
En abril de 1944 tomó posesión como gobernador del Territorio Margarito Ramírez, quien ha sido el gobernante con mayor tiempo de permanencia en el poder. La oposición a este gobernador estuvo representada en organizaciones como, el Comité Pro Gobernador Nativo formado en Cozumel (1946), el Frente Renovador Quintanarroense (1948) y el Comité Pro Defensa Territorial de Quintana Roo. Durante la gestión de Margarito Ramírez un huracán cambiaría la historia de la zona sur del Territorio, y sus consecuencias traerían, tiempo después, beneficios económicos y cambios políticos sustanciales.
El 27 de septiembre de 1955, Janet, destruyó por completo Xcalak, Vigía Chico y prácticamente la ciudad de Chetumal. El huracán Janet fue un parteaguas en la vida de muchas poblaciones, la historia de Chetumal y de Xcalak, por ejemplo, se escribe antes y después del Janet.
El presidente Adolfo López Mateos nombró como gobernador del Territorio al ingeniero Aarón Merino Fernández, quien con el apoyo económico de la federación contribuyó a la reconstrucción de Chetumal, al fomento de la pequeña industria y al desarrollo de la agricultura y ganadería.
El principal edificio de Tulúm, conocido como "El Castillo".En 1964 Merino Fernández fue sustituido por Rufo Figueroa. Acorde con el proyecto de transformación económica y social del Territorio, durante su gestión tuvo lugar a la creación del ingenio Álvaro Obregón en tierras del ejido Pucté. Se inició la expansión de la red carretera hacia el norte del Territorio para comunicar Felipe Carrillo Puerto con Tulúm y Playa del Carmen.
El último gobernante de esta década fue Javier Rojo Gómez, quien inició su periodo en mayo de 1967. Se construyeron obras de beneficio social, entre las que destacan el Centro Regional de Enseñanza Normal en Bacalar, la construcción de la carretera Chetumal-Escárcega, la pavimentación de la carretera Puerto Juárez-Playa del Carmen y la terracería del camino Felipe Carrillo Puerto-Tulúm (1970).
La orientación económica de la entidad daría un giro de 180 grados, al iniciar en Quintana Roo la industria turística, hasta entonces poco explotada en la República Mexicana: el turismo. Iniciaba la gestación de Cancún.
A fines de 1970 falleció Javier Rojo Gómez, sustituyéndole el 4 de enero de 1971 David Gustavo Gutiérrez Ruiz, quien fue el último gobernador de Quintana Roo como Territorio Federal. En 1972, el presidente Luis Echeverría Álvarez, emitió un acuerdo presidencial que otorgó para todo el Territorio la condición de zona libre durante los siguientes ocho años. Al fin Quintana Roo reunía las condiciones necesarias establecidas en el artículo 73 de la Constitución el cual dispone, que para dejar su condición de Territorio, debía contar con una población mínima de 80 mil habitantes, ingresos propios suficientes para cubrir los gastos de administración pública, así como la existencia de infraestructura agrícola, industrial, comercial y educativa, entre otras.
El 2 de septiembre de 1974 Echeverría envío al Congreso de la Unión una iniciativa de ley para que Quintana Roo y Baja California Sur fueran elevados a la categoría de estados. Tras la aprobación de las legislaturas estatales, el 8 de octubre de 1974 Quintana Roo nació como estado libre y soberano con los mismos límites y extensión que se le había otorgado en 1902. David Gustavo Gutiérrez Ruiz fue nombrado gobernador provisional.
Finalmente, el Congreso Constituyente fue convocado por el Gobernador Provisional del Estado, David Gustavo Gutiérrez Ruiz, mismo que sería integrado con siete Diputados Propietarios y sus respectivos suplentes, y que tuvieron lugar el 10 de noviembre de 1974, debiendo quedar instalado el 25 de noviembre de 1974.
Los Constituyentes, en sesión del 4 de diciembre de ese año, dieron entrada al anteproyecto de ley presentado por el Ejecutivo, David Gustavo Gutiérrez, para dotar al Estado de su propia Constitución Local. El 9 de enero de 1975 fue aprobada la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Quintana Roo y promulgada el 12 de enero del mismo año en el Diario oficial del Gobierno del Estado de Quintana Roo.
En septiembre de 1988, el huracán Gilberto azotó el norte del Estado.
En julio del 2005 se impactó en la riviera maya el huracan Emily que mantuvo categoría 4 en la escala Saffir-Simpson, aunque tenia vientos fuertes, no dejó muchos daños pero se dice que dejo un muerto. Tres meses más tarde el huracán Stan caracterizado por tener mucha agua dejo fuertes inundaciones pero no dejó destrucciones graves.
Del 21 al 23 de octubre de 2005 el poderoso huracán Wilma, de categoría cinco en la escala Safir-Simpson, azotó los polos turísticos del norte del Estado, causando severos destrozos en Cozumel, el principal receptor de barcos de crucero del país, Playa del Carmen y Cancún, aunque sin muertes relacionadas directamente a los fuertes vientos o las inundaciones, saldo atribuido a oportunas medidas de protección civil por parte de las autoridades estatales y municipales y a una creciente cultura sobre prevención de huracanes en la población, habiéndose recuperado al 100% las zonas dañadas tanto de la ciudad como de las bellas y cristalinas playas que bañan a estos lugares.
El 21 de agosto de 2007, el poderoso huracán Dean azotó el estado, tocando tierra 50 kilómetros al norte de Chetumal con una magnitud de 5 en la escala Saffir - Sipmson.
